Houlà...
Pour commencer je cite "Tower of Lezard Valeth" et "Seraphic Gate" de Valkyrie Profile, qui sont plus que retors!
Ensuite, peut-être bien le Temple de fin de Final Fantasy 4, où il faut bien être entrainé pour traverser les 13 étages, parce que franchement les monstres sont vraiment puissants.
Dans les jeux d'aventure, beaucoup de temples dans The Legend of Zelda m'ont torturés, notamment ceux de A Link To The Past (Zelda 3, SNES), et de Majora's Mask (N64). Il y'a aussi le Temple du Vent dans Zelda: The Wind Waker qui m'a bien fait pester avec son gros ventilateur et son système d'aération compliqué...
Pour ce qui est des donjons pas spécialement compliqués mais que j'aime, il y'a la Grotte Nord de Final Fantasy 7 (le donjon de fin), il est vraiment bien fichu et les différents passages à emprunter nous laissent le choix.
Sinon, il y'a aussi le Temple des Anciens (toujours Final Fantasy 7) qui est assez bien fait.
Il y'a de même certains donjons de Dragon Quest (/Warrior) 4 qui sont plutôt durs, mais franchement je ne m'en rappelle pas assez bien... Par contre, ceux du 5 sont difficiles, non pas par leurs architectures mais par les monstres difficiles à abattrent qui s'y trouvent.
Ha, et j'oubliais, ceux de Golden Sun, surtout du 2, qui sont vraiment laborieux a parcourir avec leurs énigmes tordus! Des vrais tares!
Bon je crois que c'est tout ce que j'ai trouvé.